訓練師可以選擇一隻自己收服的寶可夢隨行在身邊一起冒險，玩家可於自己的訓練師畫面就能隨時更換想隨行的寶可夢，決定好夥伴之後，行走達到一定的里程數就可以換得培養該寶可夢的糖果。 此外，夥伴寶可夢也會依據他們本身的大小，決定如何待在訓練師身邊，小隻的寶可夢可以站肩膀上，大隻的卡比獸就會站在訓練師身後。體型較小的寶可夢波波、烈雀、綠毛蟲、獨角蟲以及伊布和皮卡丘等等，在新增的「夥伴系統」中可直接站在人物肩上，不過國外有玩家發現皮卡丘必須先跟著玩家走10公里後，才能成功站上去，原來這是官方特別參考寶可夢原作動畫做的彩蛋設計。

此外，網友也測試了夥伴功能可以獲得額外 Candy 的規則，玩家可以直接在選擇 Buddy 神奇寶貝時，看到個別神奇寶貝需要走幾公里、才能獲得 Candy，其 其中區分成 1 公里、3 公里、5 公里等。常見的神奇寶貝幾乎都是 3 公里可以獲得額外的 Candy，至於像是「暴鯉龍」這種只需要常見神奇寶貝「鯉魚王」就可以獲得 Candy 升級的物種，則是可以每公里都獲得額外 Candy。需要注意的是，每種寶可夢得的 Candy 類型，或是該寶可夢進化所需的類型。同時一旦更換夥伴寶可夢，原先累積的里程數就會歸零、重新計算，因此建議玩家可以先取得 Candy 後再進行更換。

下表依序為寶可夢名稱、獲得 Candy 所需公里數、以及體型分類。想要讓寶可夢站在訓練師肩膀上，那就要選對啊！

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